Total Commander on suosittu ohjelma, joka on saanut kuuluisuutensa helppokäyttöisyydestään, suuresta määrästä laajennuksia ja ainutlaatuisten asetusten läsnäolosta, joita ei ole saatavana useimmissa muissa tiedostonhallinnoissa. Total Commanderilla on kuitenkin useita vaihtoehtoisia ohjelmia, joilla ei ole vähemmän toimintoja ja jotka voivat olla hyvä korvaava.
FAR-johtaja
Yksi suosituimmista vaihtoehdoista Total Commanderille on FAR Manager. Tällä ohjelmalla on samanlainen toimintojen joukko, mutta se eroaa käyttöliittymästä ja joistakin ominaisuuksista. Kuten Total Commander, sovelluksessa on paljon käytettävissä olevia laajennuksia, jotka auttavat parantamaan vaativankin käyttäjän toimintoja. Vaihtoehtojen joukossa FAR ei ole jäljessä vastineestaan, se on täysin ilmainen ja ohjelmoijien yhteisö kehittää sitä aktiivisesti. FAR: lla on samanlainen kaksiruutuinen käyttöliittymä, joka on toteutettu tekstimuodossa, mikä tekee tiedostonhallinnasta helppokäyttöisen ja nopean käyttää myös heikoissa tietokoneissa.
FARilla on myös teemoja, ja ohjelman toimintoja voidaan hallita täysin näppäimistöllä.
FreeCommander
FreeCommander on ilmainen vaihtoehto Total Commanderille. Edeltäjänsä tapaan FreeCommanderilla on monikielinen mukautettava käyttöliittymä ja laaja valikoima asetuksia. Ohjelman ominaisuus on sen kyky ajaa flash-asemasta kannettavana versiona missä tahansa Windows-järjestelmässä. Sovellus on nopea, sillä on kyky tarkastella arkistoja sekä pelkkänä tekstinä että heksadesimaali- ja binaarimuodossa. Toisin kuin FAR, apuohjelma tukee vetämistä ja pudottamista ja voi muodostaa yhteyden FTP-etäpalvelimiin. FreeCommanderista voi tulla täydellinen vaihtoehto Total Commanderille.
FreeCommanderin haittana on moduulijärjestelmän puute ja kyky integroida omat laajennuksesi.
Hakemisto Opus
Directory Opus on maksettu tiedostojenhallinta, jolla on monitoiminen käyttöliittymä, joka on hyvä apulaine eri tiedostoja käsiteltäessä. Kuten Total Commander, sovelluksella on monikielinen käyttöliittymä, kyky muuttaa muotoilua muutamalla painikkeella. Ohjelmassa on edistyneempi suodatus- ja tiedostohakutoiminto, se pystyy synkronoimaan tietoja, etsimään kaksoiskappaleita järjestelmästä. Directory Opusilla on paljon laajennuksia, joita ei kuitenkaan ole niin paljon verrattuna FAR: iin tai Total Commanderiin. Ohjelma pystyy automaattisiin päivityksiin ja on saatavana 32- ja 64-bittisille Windows-arkkitehtuureille. Sovellus voidaan käynnistää myös USB-muistitikulta.
Muita vaihtoehtoja ovat Double Commander -sovellus, jolla on koko komentajan laajennustuki. On myös Unreal Commander ja Speed Commander, jotka käytännössä toistavat Total Commanderin toiminnallisuuden, mutta niillä on hieman erilainen muotoilu ja asetuspuu.